Kabanata 01. Isang pagtitipon -- Kabanata 02. Si Crisostomo Ibarra -- Kabanata 03. Ang Hapunan -- Kabanata 04. Ereha at Filibustero -- Kabanata 05. Isang bituin sa gabing madilim -- Kabanata 06. Si Kapitan Tiago -- Kabanata 07. Suyuan sa isang asotea -- Kabanata 08. Mga Alaala -- Kabanata 09. Mga bagay-bagay sa paligid -- Kabanata 10. Bayan ng San Diego -- Kabanata 11. Mga hari-harian -- Kabanata 12. Lodos los santos -- Kabanata 13. Mga banta ng unos -- Kabanata 14. Tasiong baliw o pilosopo -- Kabanata 15. Mga sakristan -- Kabanata 16. Sisa -- Kabanata 17. Basilio -- Kabanata 18. Mga kaluluwang naghihirap -- Kabanata 19. Mga kapalaran ng isang guro -- Kabanata 20. Ang Pulong sa Tribunal -- Kabanata 21. Kwento ng isang ina -- Kabanata 22. Mga liwanag at mga anino -- Kabanata 23. Pangingisda -- Kabanata 24. Sa Gubat -- Kabanata 25. Elias at Salome -- Kabanata 26. Sa bahay ng pilosopo -- Kabanata 27. Bisperas ng pista -- Kabanata 28. Sa takipsilim -- Kabanata 29. Mga liham -- Kabanata 30. Kinaumagahan -- Kabanata 31. Sa loob ng simbahan -- Kabanata 32. Ang sermon -- Kabanata 33. Ang Kabriya -- Kabanata 34. Malayang pag-iisip -- Kabanata 35. Ang Tanghalian -- Kabanata 36. Usap-usapan -- Kabanata 37. Unang ulap -- Kabanata 38. Ang Kaniyang kataas-taasan -- Kabanata 39. Prusisyon -- Kabanata 40. Donya Consolacion -- Kabanata 41. Karapatan at kapangyarihan -- Kabanata 42. Dalawang panauhin -- Kabanata 43. Mag-asawang De Espadaña -- Kabanata 44. Mga balak -- Kabanata 45. Pagsusuri ng budhi -- Kabanata 46. Mga inuusig -- Kabanata 47. Sabungan -- Kabanata 48. Dalawang senyora -- Kabanata 49. Hiwaga -- Kabanata 50. Tinig ng mga inuusig -- Kabanata 51. Ugat ni Elias -- Kabanata 52. Mga palitan at pagbabago -- Kabanata 53. Baraha ng mga patay at anino -- Kabanata 54. Il Buon Di Si Conosce Da Mattina -- Kabanata 55. (Pagbubunyag) -- Kabanata 56. Malaking sakuna -- Kabanata 57. Sabi-sabi at kuro-kuro -- Kabanata 58. Vae Victis! -- Kabanata 59. Isinumpa -- Kabanata 60. Pambayan at mga pansariling kapakanan -- Kabanata 61. Ikakasal si Maria -- Kabanata 62. Pagtakas hanggang lawa -- Kabanata 63. Nagpaliwanag si Padre Damaso -- Kabanata 64. Nochebuena -- Epilogo.

Mula sa Latin ang pamagat na Noli Me Tangere at sinipi mula sa ebanghelyo ni San Juan, XX:17 nang sabihin ni Hesus si Maria Magdalena: "Huwag mo akong salingin, sapagkat hindi pa ako nakaaakyat sa aking Ama..." Sa kanyang paghahandog ng nobela "Sa Aking Inang Bayan," iniugnay nya ang siping Bibliko sa nais niyang itanghal na kanser panlipunan, "isang kanser na may katangiang napakalubha kaya nagpupyos sa galit munting di-masaling at nanggigising ng matalim na kirot."